先秦時(shí)期早在原始社會(huì)，巴彥淖爾市境內(nèi)陰山以北地區(qū)就有人類(lèi)居住。
巴彥淖爾市地區(qū)在戰(zhàn)國(guó)時(shí)陰山以南屬趙國(guó)云中郡九原地，陰山以北為匈奴牧地。
[21]秦漢至南北朝時(shí)期秦始皇二十六年（前221年），巴彥淖爾市南部屬于九原郡轄地。
秦始皇三十六年（前211年），把中原地區(qū)3萬(wàn)戶(hù)人家遷到北河（即巴彥淖爾市烏加河），進(jìn)行墾殖，開(kāi)始興起農(nóng)業(yè)。
[21]西漢時(shí)，巴彥淖爾市烏加河以南的東部地屬五原郡，西部地屬朔方郡，烏加河以北地則屬匈奴統(tǒng)轄。
兩個(gè)郡都由朔方刺史部統(tǒng)領(lǐng)。
[21]三國(guó)魏景元三年至西晉太康二年（262年~281年），巴彥淖爾市烏加河以南后套地由羌族政權(quán)統(tǒng)轄；烏拉特前、中、后三旗由拓跋鮮卑政權(quán)統(tǒng)轄；烏拉特后旗西部和磴口縣地區(qū)，則由西部鮮卑政權(quán)統(tǒng)轄。
[22]南北朝初期，市境均為北朝少數(shù)民族政權(quán)統(tǒng)治。
[23]北魏時(shí)期（386年~534年），黃河南遷，以前的河道改稱(chēng)烏加河，巴彥淖爾這才有黃河后套之說(shuō)。
[24]隋唐至宋元時(shí)期隋開(kāi)皇五年（585年），設(shè)立豐州管轄烏加河河套地區(qū)。
唐朝初年，市境仍屬豐州，轄境包括臨河區(qū)、五原縣、杭錦后旗等地區(qū)，隸屬于關(guān)內(nèi)道。
唐貞觀二十一年（647年），漠北鐵勒諸部歸服于唐，唐朝設(shè)置燕然都護(hù)府，下轄有巴彥淖爾市北部地區(qū)。
[25]唐末五代十國(guó)時(shí)期（907年~979年），遼基本統(tǒng)治巴彥淖爾市境，并在烏拉特前旗烏梁素海北派駐應(yīng)天軍。
西夏開(kāi)運(yùn)元年（1034年），黨項(xiàng)族李元昊建西夏，在烏拉特后旗置黑山威福軍司。
[26]元至順元年（1330年），甘肅行省兀剌海路治所兀剌海城，管轄烏拉特后旗和烏拉特中旗與烏拉特前旗大部及后套地區(qū)；烏拉特前、中二旗東部一部分地區(qū)歸屬中書(shū)省德寧路管轄；磴口縣地區(qū)則屬甘肅行省寧夏府路管轄。
[26]明清時(shí)期明初，巴彥淖爾市境陰山以南屬寧夏衛(wèi)，隸屬陜西統(tǒng)領(lǐng)；烏拉特前、中、后三旗地為東勝衛(wèi)轄境，隸屬山西統(tǒng)領(lǐng)。
明天順六年（1462年）以后，蒙古毛里孩、滿魯、火篩等部先后進(jìn)入河套地區(qū)。
明嘉靖年間（1522年）以后，袞弼里克圖墨爾根擊敗火篩部，河套以東及陰山前后為阿勒坦汗子孫所分據(jù)。
[27]清康熙三十六年（1697年），將磴口縣地區(qū)編屬為阿拉善和碩特旗轄地。
清乾隆四年（1739年），將陰山以南后套地區(qū)劃歸山西薩拉齊廳遙領(lǐng)。
清光緒二十九年（1903年），設(shè)置五原廳統(tǒng)領(lǐng)后套地區(qū)，隸屬山西歸綏道。
[27]中華民國(guó)時(shí)期民國(guó)二年（1914年），巴彥淖爾市全境除磴口縣外，皆劃歸綏遠(yuǎn)特別區(qū)管轄。
[28]民國(guó)二十八年（1939年），綏遠(yuǎn)省政府因省會(huì)歸綏淪陷，輾轉(zhuǎn)移駐巴彥淖爾市杭錦后旗陜壩鎮(zhèn)，隨后在此設(shè)立第八戰(zhàn)區(qū)副司令長(zhǎng)官部，這里一度成為西北抗日前線的政治、軍事要地。
民國(guó)31年（1942年），綏遠(yuǎn)省政府在后套地區(qū)實(shí)行“新縣制”，擴(kuò)建為6縣1鎮(zhèn)，并作為省政府駐地。
[29]1949年9月19日，后套地區(qū)和烏拉特三旗和平解放。
[30]中華人民共和國(guó)成立后1956年6月，巴彥淖爾盟人民委員會(huì)成立，駐巴彥浩特市，下轄阿拉善旗、額濟(jì)納旗、磴口縣和巴彥浩特市。
這是巴彥淖爾盟稱(chēng)謂的開(kāi)始。
1958年7月，巴彥淖爾盟人民委員會(huì)改為行政公署，遷駐磴口縣。
[31]2003年12月1日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)撤消巴彥淖爾盟和縣級(jí)臨河市，改設(shè)立巴彥淖爾市和臨河區(qū)。
巴彥淖爾市下轄杭錦后旗、烏拉特后旗、烏拉特中旗、烏拉特前旗、五原縣、磴口縣和臨河區(qū)7個(gè)旗縣區(qū)和1個(gè)國(guó)家級(jí)經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)、1個(gè)國(guó)家農(nóng)業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)示范區(qū)、1個(gè)常年開(kāi)放陸路口岸。