早在4000年前，察哈爾右翼后旗境內(nèi)就有人類(lèi)活動(dòng)。
春秋時(shí)期，今旗境內(nèi)先后為葷粥、鬼方，獫狁等古代氏族部落游牧或狩獵屬地。
戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，為匈奴屬地。
秦朝時(shí)期，秦始皇統(tǒng)一六國(guó)后，進(jìn)一步確立和完善了戰(zhàn)國(guó)時(shí)期的郡縣制，廢除分封制，分天下為三十六郡。
旗境屬雁門(mén)郡。
西漢元封五年（前106年），漢武帝在秦王朝的基礎(chǔ)上將全國(guó)劃分為十三監(jiān)察區(qū)，又稱(chēng)十三州。
今旗境仍屬雁門(mén)郡。
魏黃初元年（220年），今旗地屬鮮卑游牧地。
北魏登國(guó)元年（386年），鮮卑什翼犍之孫拓跋硅。
建元登國(guó)，遷都盛樂(lè)，旗地改屬跋硅所轄。
西魏廢帝元年（552年），突厥族以漠北為中心建立突厥汗國(guó)，旗地皆入所轄范圍。
遼重熙十三年（1044年），契丹王朝置西京（治所大同府，今山西省大同市），并以此為中心建立行政區(qū)，稱(chēng)西京道（轄今旗境）。
金天德二年（1150年），金王朝改原遼西京道為西京路都督總管府，今旗境屬大同府宣寧縣轄地。
元至元八年（1271年），今旗境內(nèi)西南歸集寧路，北部歸興和路，直屬中書(shū)省。
明洪武元年（1368年），明軍攻克大都，元王朝對(duì)全國(guó)的統(tǒng)治宣告結(jié)束。
北元時(shí)期，今旗境先后仍由內(nèi)蒙各部所控制。
清朝時(shí)期，清王朝編察哈爾八旗，今旗境屬右翼正紅旗，右翼正黃旗駐牧之地，直屬察哈爾都統(tǒng)。
清康熙二十一年（1682年），察哈爾右翼正黃旗第九蘇木（原哈彥忽洞蘇木）西南，距白音察干鎮(zhèn)東南7千米處建喇嘛寺院1座，俗稱(chēng)“阿貴廟”，蒙古語(yǔ)稱(chēng)“賽恩寶音圖蘇莫”，康熙皇帝賜名“善福寺”。
民國(guó)元年（1912年），中華民國(guó)政府改歸綏觀察使，所屬十二撫民廳改為縣制，撫民廳原設(shè)同知、通判等官職均改為知事，原察哈爾八旗所設(shè)“五廳”改為縣，仍歸綏遠(yuǎn)城將軍監(jiān)督節(jié)制。
民國(guó)二十五年（1936年）8月2日，傅作義赴集寧，命彭毓斌部反擊進(jìn)犯紅格爾圖、土牧爾臺(tái)鎮(zhèn)偽西北防共自治軍王道一部2000余人，斃敵過(guò)半。
至此，拉開(kāi)紅格爾圖戰(zhàn)役的序幕。
同年11月18日，傅作義部在紅格爾圖打敗偽軍王英部，共斃偽軍官兵數(shù)百名，擊毀敵機(jī)2架，并繳獲大量物資，紅格爾圖戰(zhàn)役宣告結(jié)束。
民國(guó)三十五年（1946年）秋，察右后旗解放。
在農(nóng)區(qū)建立了人民政權(quán)機(jī)構(gòu)—陶集縣人民政府（今紅格爾圖鎮(zhèn)），在牧區(qū)建立的人民政權(quán)機(jī)構(gòu)是正黃旗北六佐辦事處（今哈彥忽洞蘇木阿貴廟）。
1954年3月3日，根據(jù)政務(wù)院令，綏遠(yuǎn)省與內(nèi)蒙古自治區(qū)合并，同時(shí)撤綏遠(yuǎn)省建制，原轄區(qū)域統(tǒng)一由內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府領(lǐng)導(dǎo)。
隨后在解決綏東地區(qū)旗縣并存問(wèn)題時(shí)，自治區(qū)人民政府采取“承認(rèn)歷史、照顧現(xiàn)實(shí)、解決問(wèn)題、達(dá)到團(tuán)結(jié)”的方針，于同年3月17日撤銷(xiāo)中心旗、正黃旗、鑲蘭、鑲紅聯(lián)合旗和陶林縣制，改劃為察哈爾右翼前、中、后三旗。
原綏東四旗中心旗改劃為察哈爾右翼后旗，隸屬平地泉行政區(qū)人民政府領(lǐng)導(dǎo)。
1955年9月15日，旗人民政府從平地泉遷至土牧爾臺(tái)鎮(zhèn)。
1957年10月1日，將集寧縣大西溝、十號(hào)、賁紅、高茂、曹不罕、高玉良、黃羊城等7個(gè)鄉(xiāng)劃歸察哈爾右翼后旗管轄。
1958年4月2日，察哈爾右翼后旗隸屬烏蘭察布盟管轄。
同年6月，將四子王旗的海青花、三井泉、大西村、土城、明樂(lè)等鄉(xiāng)劃歸察哈爾右翼后旗。
1971年3月，察哈爾右翼后旗人民政府從土牧爾臺(tái)鎮(zhèn)遷往白音察干鎮(zhèn)。
2003年12月，烏蘭察布撤盟設(shè)市，察哈爾右翼后旗屬烏蘭察布市。