根河所在區(qū)域最初見諸史籍的民族為東胡。
戰(zhàn)國末期，東胡與匈奴同時興起。
西漢初期，東胡被匈奴冒頓單于擊敗，部眾逃散，其中主要的兩支分別逃至烏桓山和鮮卑山，從此便以烏桓族和鮮卑族出現(xiàn)于史冊。
三國兩晉時期，大興安嶺東西皆為鮮卑人的轄區(qū)和勢力范圍。
南北朝時期，大興安嶺以東分布著烏洛侯等室韋諸部。
隋朝時期，根河所在區(qū)域為室韋民族領地。
在邊遠地區(qū)設立羈縻府、州予以管理。
唐朝時期，在室韋地區(qū)設室韋都督府，并任命少數(shù)民族部落首領為都督。
今嫩江流域及大興安嶺內外均納入唐朝版圖。
大興安嶺以西地區(qū)曾先后被突厥人和回紇人占領過，為突厥汗國和回紇東部邊地。
五代十國時期，嶺西地區(qū)逐漸成為烏古敵烈及塔塔兒人的駐地，大興安嶺嶺東地區(qū)成為契丹人的勢力范圍。
遼朝時期，疆域東到日本海，西至阿爾泰山，北到額爾古納河、大興安嶺一帶，南到河北省南部的白溝河。
大興安嶺嶺東地區(qū)歸上京道東北路招討司管轄，大興安嶺嶺西歸烏古敵烈統(tǒng)軍司管轄。
金朝時期，大興安嶺嶺東地區(qū)歸蒲與路管轄，大興安嶺嶺西地區(qū)歸東北路招討司所轄。
蒙古太祖九年，成吉思汗統(tǒng)一蒙古草原后，大興安嶺嶺西為其大弟弟拙赤·哈薩爾和二弟合赤溫·額勒赤、三弟貼木哥·斡赤斤及德薛禪家族的封地；大興安嶺嶺東地區(qū)后來也逐漸成為貼木哥·斡赤斤的封地。
今黑山頭鎮(zhèn)古城遺址即拙赤·哈薩爾故都。
元朝初期，呼倫貝爾地區(qū)仍為諸王封地。
元至元二十八年（1291年），乃顏、哈丹叛亂平定后，諸王封地納入行省，大興安嶺嶺東地區(qū)劃入中書行省泰寧路、遼陽行省山北遼東路和黑水府達達路，大興安嶺嶺西地區(qū)劃入嶺北行省和林路。
明朝初期，北元（蒙古汗國）退守蒙古草原，并以察哈爾部為宗主部繼續(xù)統(tǒng)治蒙古草原，呼倫貝爾為北元東境。
明正統(tǒng)四年（1439年），大興安嶺東麓為阿魯科爾沁部牧地，四子、烏拉特、茂明安三部牧地在大興安嶺以西直至尼布楚的廣闊草原上。
十五世紀初，明王朝在邊境地區(qū)設置都司、衛(wèi)所進行控制。
呼倫貝爾地區(qū)由奴爾干都司下設的一些衛(wèi)所管轄。
嶺東由布爾哈衛(wèi)、阿倫衛(wèi)等管轄，嶺西由斡難河衛(wèi)、堅河衛(wèi)、哈刺孩衛(wèi)及海刺兒千戶所管轄，根河地區(qū)為堅河衛(wèi)管轄。
明崇禎三年（1630年）至明崇禎六年（1633年），居住在呼倫貝爾地區(qū)的阿魯科爾沁、烏拉特、四子、茂明安部先后歸服后金。
后金天聰九年（1635年）前后，按照后金政權的指令，生活在大興安嶺嶺西地區(qū)的烏拉特、四子、茂明安三部陸續(xù)向西南遷移至烏蘭察布草原，阿魯科爾沁部前往赤峰市。
清順治年間，沙俄軍隊入侵中國黑龍江流域的廣大地區(qū)，世代居住在那里的達斡爾、鄂溫克、鄂倫春等族人民被迫遷至黑龍江南岸的嫩江流域居住。
為了加強管理，清王朝將達斡爾人編為3個“扎蘭”，將鄂溫克人編為5個“阿巴”，直屬清中央政府藩院。
清康熙二十八年（1689年），清王朝在嫩江西岸宜臥奇后屯設立布特哈總管衙門，設副都統(tǒng)總管。
《中俄尼布楚議界條約》簽訂，確定額爾古納河東岸屬中國，西岸屬俄國。
清雍正五年（1727年），沿額爾古納河設置18座卡倫，管理邊務和內政，并設呼倫貝爾副都統(tǒng)府。
清光緒三十四年（1908年），設吉拉林設治局，管理境內行政、邊務事宜。
民國九年（1920年），設室韋縣和奇乾設治局。
民國十年（1921年），奇乾設治局改奇乾縣。
民國十九年（1930年），室韋縣府由吉拉林遷至河塢（今蘇沁鄉(xiāng)）。
民國二十一年（1932年）12月，偽滿洲國民政部將室韋、奇乾二縣劃歸偽興安北省管轄。
民國二十二年（1933年）1月1日，偽滿洲國取消室韋縣和奇乾縣，改為辦事處。
同年7月12日，將原室韋縣境劃為額爾古納左翼旗（稱東額旗），旗公署設于奈勒穆圖（今三河鎮(zhèn)）；將原奇乾縣境劃為額爾古納右翼旗，旗公署設于吉儒穆圖（今奇乾鄉(xiāng)）。
民國三十四年（1945年）8月9日，偽滿政權垮臺。
同年8月10日，蘇聯(lián)紅軍進駐三河街并成立了維持會。
民國三十五年（1946年），經呼倫貝爾自治政府批準，成立了額爾古納左翼旗公署和額爾古納右翼旗公署。
民國三十六年（1947年）11月，中國共產黨派呼倫貝爾工作團進駐三河街。
民國三十七年（1948年）2月16日，經內蒙古自治區(qū)人民政府批準，將額爾古納左、右翼兩旗合并為額爾古納旗。
旗政府設在三河街（今額爾古納市三河鎮(zhèn)）。
1961年8月，額爾古納旗政府遷至根河鎮(zhèn)，接收了原喜桂圖旗代管的根河、好里堡、得耳布爾、金河、牛耳河5個鎮(zhèn)和阿龍山、滿歸2個地區(qū)。
1966年4月1日，國務院批準撤銷額爾古納旗，設額爾古納右旗和額爾古納左旗。
額爾古納左旗政府設在根河鎮(zhèn)。
1969年8月1日，額爾古納左旗隨同呼倫貝爾盟劃入黑龍江省。
1979年7月1日，額爾古納左旗又劃歸內蒙古自治區(qū)。
1994年4月28日，國務院批準撤銷額爾古納左旗，設立根河市（縣級）。