舊石器時期，扎賚諾爾人在此活動。
商朝時期，扎賚諾爾地區(qū)屬肅慎和東胡的活動范圍，與商王朝有朝貢關(guān)系。
周朝至秦朝時期，屬東胡地。
西漢時期，為匈奴左賢王庭轄地。
兩漢更迭時期，鮮卑拓跋部南遷至達(dá)賚湖一帶，扎賚諾爾地區(qū)為其領(lǐng)地，至東漢末年。
南北朝時期，屬柔然、突厥地。
隋朝時期，屬突厥南室韋地。
唐朝時期，屬西室韋地，受轄于室韋都督府。
遼朝時期，為契丹、烏古居地，受轄于上京道烏古敵烈統(tǒng)軍司。
金朝時期，為塔塔兒居地，受轄于東北路招討司。
蒙古太祖九年（1214年）后，為成吉思汗大弟哈布圖·哈薩爾封地，設(shè)齊王府治，屬嶺北行省和林路。
明朝時期，為蒙古脫古斯帖木兒駐牧地，受轄于奴兒干指揮使司斡難河衛(wèi)海剌兒千戶所。
清朝初期，境內(nèi)蒙古族歸附清王朝，由黑龍江將軍統(tǒng)轄。
康熙二十八年（1689年），受轄于呼倫貝爾總管。
雍正五年（1727年），呼倫貝爾總管在阿巴蓋圖設(shè)卡倫駐守。
雍正十二年（1734年），由新巴爾虎右翼四旗的鑲紅旗統(tǒng)領(lǐng)。
乾隆八年（1743年），受轄于呼倫貝爾副都統(tǒng)銜總管。
光緒六年（1880年），受轄于呼倫貝爾副都統(tǒng)。
光緒二十七年（1901年），在譯寫東清鐵路火車站的站名時，將“達(dá)賚諾爾”音轉(zhuǎn)為“扎賚諾爾”，后又以訛傳訛將煤礦名、地區(qū)名叫成“扎賚諾爾”。
光緒三十四年（1908年），裁撤呼倫貝爾副都統(tǒng)，改設(shè)呼倫貝爾兵備道，扎賚諾爾地區(qū)歸其管轄。
宣統(tǒng)元年（1909年）10月，設(shè)立臚濱府，扎賚諾爾被劃為區(qū)，歸臚濱府管轄。
民國元年（1912年）2月，陳巴爾虎總管車和扎率蒙俄聯(lián)軍攻陷臚濱府，歸附“呼倫貝爾自治政府”，扎賚諾爾屬之。
民國九年（1920年）8月，呼倫貝爾自治政府宣布取消“自治”，設(shè)臚濱縣，扎賚諾爾受其管轄。
民國十九年（1930年）9月，扎賚諾爾設(shè)鎮(zhèn)。
民國二十一年（1932年）6月，“滿洲國”裁撤臚濱縣，扎賚諾爾鎮(zhèn)受轄于興安北省駐滿洲里辦事處。
民國二十五年（1936年）1月，扎賚諾爾屬新巴爾虎右翼旗。
民國二十八年（1939年），設(shè)扎賚諾爾街，屬新巴爾虎右翼旗。
民國三十年（1941年），扎賚諾爾街從新巴爾虎右翼旗劃出，直屬興安北省。
民國三十四年（1945年）1月，扎賚諾爾街改設(shè)為扎賚諾爾市，直屬興安北�。煌�8月9日，蘇軍進(jìn)駐扎賚諾爾，日偽扎賚諾爾市政權(quán)垮臺；同年8月19日，蘇軍組織選舉大會，成立扎賚諾爾市政府；同年10月1日，呼倫貝爾自治政府成立，扎賚諾爾市屬之。
民國三十五年（1946年），中共西滿軍區(qū)護(hù)路軍第三團(tuán)接管扎賚諾爾市政府，建立人民政權(quán)。
民國三十七年（1948年）1月1日，呼倫貝爾地方政府取消自治，建立呼倫貝爾盟，隸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)，扎賚諾爾市隨之屬內(nèi)蒙古自治區(qū)；同年5月，扎賚諾爾市改稱扎賚諾爾區(qū)，隸屬呼倫貝爾盟。
民國三十八年（1949年）1月，扎賚諾爾區(qū)改稱扎賚諾爾街，仍屬呼倫貝爾盟；同4月，扎賚諾爾街并入滿洲里市，稱扎賚諾爾區(qū)。
1954年4月，扎賚諾爾區(qū)政府改稱扎賚諾爾區(qū)人民政府，扎賚諾爾區(qū)隸屬滿洲里市。
1955年5月，扎賚諾爾區(qū)人民政府改稱扎賚諾爾區(qū)人民委員會。
1957年2月，扎賚諾爾區(qū)改為扎賚諾爾礦區(qū)，升格為縣級建制。
1958年6月，撤銷扎賚諾爾縣級建制，同時撤銷扎賚諾爾礦區(qū)人民委員會；同年10月9日，成立滿洲里市人民委員會扎賚諾爾辦事處和滿洲里市紅旗人民公社。
1960年6月，扎賚諾爾礦區(qū)人民公社成立，保留辦事處，隸屬滿洲里市人民委員會。
1961年12月，內(nèi)蒙古自治區(qū)黨委批準(zhǔn)成立扎賚諾爾礦區(qū)人民委員會，隸屬滿洲里市人民委員會。
1962年5月，滿洲里市人民委員會批準(zhǔn)成立扎賚諾爾礦區(qū)人民代表大會和扎賚諾爾礦區(qū)人民委員會，礦區(qū)人民委員會同時也是礦區(qū)城市人民公社，一個機(jī)構(gòu)兩塊牌子；同年7月，扎賚諾爾礦區(qū)城市人民公社撤銷。
1968年2月，成立扎賚諾爾礦區(qū)革命委員會，取代扎賚諾爾礦區(qū)人民委員會。
1969年8月，扎賚諾爾礦區(qū)隨滿洲里市劃入黑龍江省。
1979年7月，扎賚諾爾礦區(qū)隨滿洲里市重新劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1980年7月，內(nèi)蒙古自治區(qū)黨委批準(zhǔn)扎賚諾爾礦區(qū)恢復(fù)旗縣級建制。
2004年2月，扎賚諾爾礦區(qū)改為扎賚諾爾區(qū)，由滿洲里市代管。
2013年3月，扎賚諾爾礦區(qū)以呼倫貝爾市扎賚諾爾區(qū)備案，為縣級行政區(qū)劃建制，由滿洲里市代管。
[22]2023年3月，內(nèi)蒙古自治區(qū)第十一屆黨委常委會會議決定，扎賚諾爾區(qū)由呼倫貝爾市直接管理。