新石器時代就有先民在此漁獵牧耕。
夏商時期為商族聚居地。
春秋戰(zhàn)國至秦末先后為山戎、東胡、匈奴聚居地。
西漢初為匈奴地,中后期南屬烏桓、北屬鮮卑。
晉隋為庫莫奚與契丹地。
唐貞觀二十二年（648年），屬松漠都督府。
遼屬上京道饒州、儀坤州地。
金屬北京路全州地。
元太祖九年（1214年），全境為弘吉剌氏私藩。
至元八年（1271年），屬應(yīng)昌府。
至元二十二年（1285年），屬應(yīng)昌路。
明朝初為北元占據(jù)，洪武三年（1370年）四月，元順帝妥歡帖木兒病歿應(yīng)昌路，太子愛猷識里答臘在應(yīng)昌嗣位。
明洪武二十二年（1389年）七月，于元應(yīng)昌路舊址設(shè)應(yīng)昌衛(wèi)。
明永樂二十年（1422年），改應(yīng)昌衛(wèi)為清平鎮(zhèn)。
后金天聰八年（1634年），歸屬后金。
清順治九年（1652年），詔編克什克騰部為克什克騰札薩克旗，屬于昭烏達盟。
清道光五年（1825年），設(shè)白岔巡檢司管轄漢人事務(wù)，屬于多倫諾爾廳，蒙民地區(qū)仍屬熱河昭烏達盟，蒙漢分治。
民國2年（1913年）11月，撤銷白岔巡檢司，建經(jīng)棚設(shè)治局，屬熱河特別區(qū)。
民國3年（1914年），撤銷經(jīng)棚設(shè)治局，建經(jīng)棚縣。
民國22年（1933年）3月5日，日本侵略軍侵占克什克騰旗，5月10日，建克什克騰旗公署，屬滿洲國興安總署興安西分�。▊�，治所在開魯）。
民國23年（1934年）1月，撤銷經(jīng)棚縣，歸克什克騰旗。
1945年8月16日，克什克騰旗解放。
1945年12月1日，經(jīng)棚縣委、經(jīng)棚縣政府、克什克騰旗政府同時成立，屬中共熱河省。
1948年3月，撤銷經(jīng)棚縣設(shè)置，統(tǒng)歸克什克騰旗，屬熱河省昭烏達盟。
1949年5月5日，隨昭烏達盟劃歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1969年7月5日，隨昭烏達盟劃歸遼寧省。
1979年7月1日，隨昭烏達盟復歸內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1983年10月10日，昭烏達盟撤盟建赤峰市，克什克騰旗屬之，沿用至今。