托克托縣早在五六千年前的新石器時(shí)代，就有人類在此繁衍生息。
是內(nèi)蒙古人類發(fā)祥地之一，內(nèi)蒙古最早有人類的地方是托克托縣和赤峰，分別被命名為“海生不浪文化”和“紅山文化”。
托克托縣早在戰(zhàn)國(guó)趙武侯時(shí)代就有了城池，古城已有近2400年歷史。
周安王十二年（前390年），趙武侯在此筑云中城。
趙武靈王十九年（前307年），趙武靈王置云中郡并改革軍制，實(shí)行“胡服騎射”。
秦統(tǒng)一六國(guó)后，在全國(guó)設(shè)三十六郡，其中的云中郡就位于托克托縣境內(nèi)。
唐王朝建立后，為了抗擊后突厥的南侵，于景龍二年（708年）在黃河北岸的陰山以南地帶興筑了三座受降城，其中東受降城城址就在今托克托城內(nèi)的“大皇城”。
唐寶歷元年（825年），根據(jù)振武節(jié)度使張帷清的建議，將東受降城遷至北魏時(shí)期的盛樂(lè)城和林縣上土城子北面。
遼之初，將勝州城人民遷移到黃河?xùn)|岸進(jìn)行安置，重新修繕了城垣，并命名為東勝州。
金代，元代沿襲遼制，仍在此設(shè)置了東勝州。
元王朝統(tǒng)一全國(guó)后，在東勝州至中興府（今寧夏銀川市）之間的黃河上，設(shè)立了水路驛站。
明朝前期，置一縣兩衛(wèi)。
即云內(nèi)縣，東勝衛(wèi)和鎮(zhèn)虜衛(wèi)。
明嘉靖年間，今縣境并入土默特。
阿拉坦汗的義子“脫脫”駐牧東勝衛(wèi)城，托克托之名由此得來(lái)清代中期起，大量的漢族人走西口來(lái)到土默川一帶，特別是實(shí)行移民實(shí)邊政策后，托克托一帶地方已全部放墾。
清乾隆六年（1741年），在呼和浩特設(shè)置歸綏道，同時(shí)在托克托城設(shè)置協(xié)理通判，由歸綏道管領(lǐng)，負(fù)責(zé)處理漢人事務(wù)。
清乾隆二十五年（1760年），改為托克托理事同知廳，簡(jiǎn)稱為托克托廳。
清光緒十年（1884年），又改稱托克托縣。
民國(guó)元年（1912年），延用原來(lái)托克托縣名，簡(jiǎn)稱托縣。