春秋戰(zhàn)國時(shí)期，為東胡族游牧地。
秦二世胡亥元年（前209年），匈奴占領(lǐng)東胡各地，旗境屬匈奴左賢王轄地一部分。
東漢時(shí)期，為鮮卑部落聯(lián)盟東部大人轄地，隸屬于遼東屬國。
東晉十六國時(shí)期，扎旗屬前燕國管轄。
南北朝時(shí)期，屬室韋烏洛侯交錯(cuò)游牧地。
隋朝時(shí)期，室韋各部逐漸強(qiáng)盛，分為五部，屬南室韋。
唐朝時(shí)期，仍為室韋活動(dòng)地。
遼朝時(shí)期，屬上京道長春州，韶陽軍節(jié)度，隸延慶官，兵事隸屬東北統(tǒng)軍司。
金朝時(shí)期，屬北京路臨潢府泰州境，德昌軍節(jié)度使轄，兵事屬東北路招討司。
蒙古太祖九年（1214年），成吉思汗統(tǒng)一蒙古草原，對蒙古草原實(shí)行“領(lǐng)戶分封制”，扎旗為成吉思汗三弟遼王鐵木真斡赤金的世襲領(lǐng)地。
后因以四世遼王乃顏為首的東部諸王叛亂，封地納入行省，初屬遼陽行省泰寧路轄。
元延佑二年（1315年），改屬泰寧府。
元延佑四年（1317年），泰寧府升為泰寧路，仍然屬于遼陽行省，后改隸中書省。
明洪武二十二年（1389年），設(shè)立兀良哈三衛(wèi)指揮使司，扎旗朵顏衛(wèi)所轄，上屬大寧都司。
大寧都司南遷后，為奴爾干都司所轄。
繼之，歸木塔里山衛(wèi)指揮使所轄。
明洪熙元間（1425年），蒙古臣阿魯臺為瓦剌部所破，率部南遷避于嫩江，起名嫩科爾沁部以別之。
明萬歷時(shí)期（1573—1620年），博第達(dá)喇將原來的科爾沁部以河劃界，分給自己的兒子們做牧地。
九子阿敏分得嫩江以西的綽爾河流域，始號扎賚特部。
后金太祖天命九年（1624年），向清朝納貢。
清崇德元年（1636年），皇太極改國號為清，漠南蒙古十六部四十九個(gè)封建主承認(rèn)皇太極為蒙古可汗的繼承者。
漠南蒙古列為外藩，實(shí)行札薩克制，扎賚特部領(lǐng)一旗。
清光緒二十八年（1902年），黑龍江將軍奉旨成立“總理黑龍江、扎賚特旗等部蒙古荒務(wù)總局”主持三盟旗荒地出放事務(wù)。
清光緒三十年（1904年），在已開放地嫩江右岸莫勒紅崗子設(shè)置大賚直隸廳，設(shè)撫民通判管理荒務(wù)，并在塔子城、景星兩地設(shè)大賚廳分防經(jīng)歷衙門負(fù)責(zé)該地管理治安并兼管附近剩余荒地的開放事務(wù)。
民國二年（1913年），大賚廳改為大賚縣，泰來縣、景星縣也相繼設(shè)置，扎賚特旗設(shè)天和、中和、德和3個(gè)地局。
各縣土地所有權(quán)仍屬扎旗，隸黑龍江省管轄，仍屬哲里木盟。
民國二十一年（1932年），偽滿洲國成立，廢原東北三省建置，扎賚特旗屬偽興安南分省（后改為興安總省），取消原有的封建王公世襲制度，札薩克改為旗長。
民國二十二年（1933年），把土地開放時(shí)放出的土地由泰來、景星管內(nèi)劃回一部分。
由泰來接收回來的土地改為扎賚特旗第五、六、七努圖克，由景星接收回來的地區(qū)編入第二、三、八努圖克管內(nèi)。
民國二十七年（1938年），實(shí)行“土地奉上”，撤銷天和、中和、德和地局。
民國三十四年（1945年）8月，扎賚特旗光復(fù)。
民國三十五年（1946年），先后隸屬于興安盟、興安省。
民國三十六年（1947年），隸于興安盟。
1952年2月，西科后旗建制撤銷，原屬西科后旗的圖牧吉努圖克劃歸扎賚特旗。
1953年2月，撤銷興安盟建制，扎賚特旗歸內(nèi)蒙古自治區(qū)東部區(qū)行政公署所轄。
1954年，撤銷東部區(qū)行政公署，劃歸呼倫貝爾盟人民政府管轄。
1969年8月，隨呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省。
1979年8月，隨呼倫貝爾盟劃回內(nèi)蒙古自治區(qū)。
1980年7月，恢復(fù)興安盟建制，劃歸興安盟。