民國時期，屬靈武四區(qū)管轄。
民國二十七年（1938年），全境設(shè)8個保，36個甲。
民國三十二年（1943年），8個保合并為4個保。
民國三十八年（1949年）9月，吳忠解放。
1950年，由靈武縣劃出歸吳忠市管轄；同時成立區(qū)人民政府，境內(nèi)4個保依次改為一、二、三、四鄉(xiāng)。
1952年，4鄉(xiāng)合并為2鄉(xiāng)，同時以傳統(tǒng)地名為據(jù)，將原一、二、三鄉(xiāng)分別易名為東塔寺鄉(xiāng)、四旗糧鄉(xiāng)和石佛寺鄉(xiāng)。
1955年，3個鄉(xiāng)先后成立了23個初級農(nóng)業(yè)合作社；同年，將原3個鄉(xiāng)合并為一個東塔寺鄉(xiāng)。
1962年5月，改為東塔人民公社。
1984年，復(fù)為東塔寺鄉(xiāng)。
2003年5月，區(qū)劃調(diào)整，原東塔寺鄉(xiāng)8個村和靈武市新華橋2個行政村合并為東塔寺鄉(xiāng)。