夏代，今境有莘國、亳邑和貫國。
商代商湯建都于亳（今曹縣城南）。
春秋時，今縣北部屬曹國，南部屬宋國。
戰(zhàn)國時，東南為己氏邑，東為安陽邑，西部有戎國。
秦，己氏邑仍舊，屬碭郡。
漢，縣境西部為薄縣地，屬兗州山陽郡，東北為成武縣地；西北為定陶、冤句縣地，屬濟陰郡；東南為豫州梁國己氏縣。
東漢建初四年（79），薄縣劃歸梁國，己氏屬濟陰郡。
三國，魏廢薄縣，入蒙縣。
晉朝沿襲魏。
南北朝，屬北魏。
孝明帝孝昌三年（527）置西兗州于濟陰郡，先治定陶，后遷左城，統(tǒng)濟陰、沛二郡。
己氏縣屬之。
北齊，廢北譙郡、沛郡及安陽、己氏二縣。
北周，改西兗州為曹州。
隋開皇四年（584）復置己氏，六年改名楚丘。
楚丘于開皇十六年（596）屬宋州，大業(yè)二年（606）改屬梁郡。
開皇六年（586）置濟陰縣為濟陰郡附郭。
唐代，今縣西北和北部仍為冤句縣、濟陰縣，屬河南道濟陰郡，東南為楚丘縣，屬河南道宋州睢陽郡。
五代，后梁，濟陰縣仍為曹州附郭，冤句屬曹州。
唐昭宗光化二年（899），楚丘屬輝州。
后唐同光二年（924）改輝州為單州，楚丘隨屬。
后梁還隸宋州，屬宣武軍。
后唐，濟陰縣仍舊，楚丘縣改屬歸德軍。
宋元祐元年（1086）冤句改宛亭縣。
曹州改為興仁府，濟陰、宛亭二縣屬之。
楚丘縣初屬歸德軍，又屬拱州，后屬應天府。
金，楚丘縣初隸曹州，天德元年（1149）屬歸德府，大定八年（1168年），因河決徙城于乘氏故城。
興定元年（1217）因隔河不便，改屬單州。
濟陰縣，元，今縣北屬濟陰縣，東南屬楚丘縣，并隸曹州。
明洪武元年（1368），濟陰縣并入曹州，因河患移州治于安陵；二年，再遷于磐石鎮(zhèn)，將楚丘縣并入。
洪武四年（1371），改曹州為曹縣（始得縣名），屬濟寧府。
洪武十八年（1385），濟寧府改為州，曹縣隨州改屬兗州府。
正統(tǒng)十年（1445），于乘氏復置曹州，屬兗州府，曹縣屬之。
清雍正十三年（1735），曹州升為府，屬兗沂曹濟道，曹縣屬之。
1914年，山東省設4道，曹縣屬濟寧道。
1925年，山東省改為11道，曹縣屬曹濮道。
1928年，廢道，縣直屬省。
1929年，屬山東省第二區(qū)行政督察專員公署。
1938年，將第二專署分為第十、第十一、第十二專員公署，曹縣屬第十一專署。
1938年11月，日軍侵占縣城，國民黨縣公署流徙于鄉(xiāng)間。
1939年10月5日，日偽于城內(nèi)設縣公署，隸屬曹州道尹公署。
中國共產(chǎn)黨于1938年在曹縣、東明、考城結(jié)合部建考城抗日縣政府，旋于次年3月撤銷。
1940年8月，在縣西北劉崗一帶建立曹縣抗日縣政府，同時設曹東南辦事處（1941年7月撤銷）。
此后自1941年5月至1943年8月，專署名稱多次變更，曹縣曾隸屬冀魯豫三專署、七專署，晉冀魯豫邊區(qū)第二十二行政督察專員公署、第二十專署。
1943年8月，為紀念第二十二專署已故專員劉齊濱，將曹縣抗日縣政府改為齊濱抗日縣政府，并在曹縣東南青堌集建立曹縣抗日縣政府，在曹縣、成武結(jié)合部建立成曹抗日縣政府。
齊濱、曹縣、成曹3縣均屬晉冀魯豫邊區(qū)第二十專署。
1944年8月，二十專署改稱晉冀魯豫邊區(qū)冀魯豫第十行政督察專員公署，3縣隨屬。
1945年5月，在曹縣東南與河南省虞城縣結(jié)合處建立虞城抗日縣政府，12月撤；同年9月撤銷曹縣、成曹縣，在青堌集一帶建立復程抗日縣政府。
齊濱、復程2縣均屬冀魯豫第十專署。
1945年9月18日，解放軍克復曹縣城，在城內(nèi)又建曹縣抗日縣政府，仍屬冀魯豫十專署。
1946年2月，冀魯豫十專署改為晉冀魯豫邊區(qū)第五行政督察專員公署，以上3縣隨屬。
1949年8月，建平原省及菏澤專區(qū)，曹縣民主縣政府屬之，將齊濱縣并入。
復程民主縣政府屬湖西專區(qū)。
1952年11月30日，撤銷平原省，曹縣隨菏澤專區(qū)、復程隨湖西專區(qū)改屬山東省。
1953年8月撤銷湖西專區(qū)，將復程縣劃歸菏澤專區(qū)。
1956年3月撤銷復程縣，并入曹縣、單縣。
1958年10月撤銷菏澤專區(qū)，曹縣屬濟寧專區(qū)。
1959年9月曹縣復屬菏澤專區(qū)（1967年改稱菏澤地區(qū)）。
2000年6月撤銷菏澤地區(qū)，設立地級菏澤市，曹縣屬之。