商代時(shí)，為古奄國(guó)舊址，《闕里文獻(xiàn)考》記：曲阜“在殷為奄”。
奄是商朝的屬國(guó)。
《山東通志》卷二十云：“奄，贏姓，少昊之后《漢書》：‘古奄國(guó)即魯之奄里’”。
因此，奄亦為商朝的古都。
周時(shí)為魯國(guó)，周武王滅商，在全國(guó)范圍內(nèi)進(jìn)行分封，奄為商人故地，周武王將其胞弟、王國(guó)輔臣周公旦封到少昊之墟曲阜，國(guó)號(hào)魯。
魯國(guó)為楚所滅后改為魯縣。
秦時(shí)為魯縣并為薛郡治，郡治設(shè)在曲阜。
西漢時(shí)為魯縣，是徐州魯國(guó)國(guó)治。
東漢為魯國(guó)，是豫州魯國(guó)國(guó)治，后為東海國(guó)國(guó)治。
魏、晉時(shí)為魯縣，是豫州魯郡郡治。
南北朝時(shí)為魯縣，屬兗州魯郡。
東晉以魯縣為屬邑，改隸兗州部。
北魏時(shí)為魯縣，是兗州魯郡郡治。
北齊、北周時(shí)為魯縣，屬兗州任城郡。
隋初名汶陽(yáng)縣。
隋開皇十六年（596），初定名為曲阜，先屬兗州，后改屬魯郡。
唐貞觀元年（627）入泗入縣，八年復(fù)置，屬兗州。
北宋大中祥符五年（1012）改為仙源縣，徙治大魯城東北八里（今舊縣村）屬京東東路襲慶府。
金天會(huì)七年（1129）復(fù)名曲阜縣，屬兗州。
元時(shí)屬山東東西道濟(jì)寧路總管府兗州。
明嘉靖三年（1524）還治古魯城，屬兗州府。
清時(shí)屬山東省兗州府。
1914年屬濟(jì)寧道。
1925年屬兗濟(jì)道。
1928年直屬山東省。
1938年屬魯西道。
1940年屬兗濟(jì)道。
1941年屬魯南專區(qū)第一行政區(qū)。
1944年屬魯南行政區(qū)第一專區(qū)。
1948年屬魯中南行政區(qū)第四專區(qū)。
1950年屬滕縣專區(qū)。
1953年屬濟(jì)寧專區(qū)。
1958年滋陽(yáng)縣并入，縣人民政府遷兗州。
1962年原滋陽(yáng)縣地析出置兗州縣。
1967年屬濟(jì)寧地區(qū)。
1983年屬濟(jì)寧市。
1986年6月，曲阜撤縣建市。