1943年前，馬站屬沂水縣第七區(qū)轄地。
1942年8月，為沂北行署第七區(qū)。
1945年9月，沂北行署改稱沂北縣，為沂北縣轄區(qū)。
1949年8月，沂北和莒沂縣合并為莒沂縣，為莒沂縣馬站區(qū)（也稱二區(qū)）。
1953年8月，莒沂縣撤銷，劃歸沂水縣十七區(qū)。
1955年10月，改稱馬站區(qū)。
1958年3月，建立馬站鄉(xiāng)；9月，成立馬站公社。
1963年3月，復(fù)稱馬站區(qū)。
1971年4月，更名為馬站人民公社。
1984年4月，改稱馬站區(qū)，1985年9月，撤區(qū)設(shè)鎮(zhèn)至今。