民國三十年（1941年），設郭鎮(zhèn)，轄9保。
1949年12月，建立郭鎮(zhèn)區(qū)，轄10個鄉(xiāng)。
1957年，區(qū)劃調整時將大南峪鄉(xiāng)劃歸甘肅省康縣，將甘肅省的史家河、譚家莊、裴家莊、羅義溝村劃歸郭鎮(zhèn)區(qū)。
1958年，成立郭鎮(zhèn)公社，轄5個管理區(qū)。
1961年，又恢復郭鎮(zhèn)區(qū)，各管理區(qū)建立公社。
1996年5月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，將原來的郭鎮(zhèn)、坪溝、干河壩、吳家河一鎮(zhèn)三鄉(xiāng)合并為郭鎮(zhèn)，將原郭鎮(zhèn)區(qū)的木瓜院鄉(xiāng)并入藥木院鄉(xiāng)。
2001年12月，將原木瓜院片區(qū)的7個村并入郭鎮(zhèn)。