清嘉慶七年（1802年），設(shè)定遠(yuǎn)廳西鄉(xiāng)歸仁里三元黎壩地。
民國(guó)三年（1914年），設(shè)鎮(zhèn)巴縣西區(qū)三元黎壩村。
民國(guó)二十二年（1933年）3月，紅四方面軍建立了聞家坪鄉(xiāng)蘇維埃政府。
民國(guó)二十五年（1936年），設(shè)三黎聯(lián)保4、5保。
民國(guó)二十九年（1940年），設(shè)三元鄉(xiāng)4、5、6保。
1950年，設(shè)三元區(qū)三元壩鄉(xiāng)。
1958年，設(shè)三元壩管理區(qū)。
1961年，成立三元公社。
1966年12月，更名永紅公社。
1971年2月，仍復(fù)名三元公社。
1984年5月，改設(shè)三元鄉(xiāng)。
1985年11月，改設(shè)三元鎮(zhèn)。
1996年5月，將伍家鄉(xiāng)并入三元鎮(zhèn)。
2001年12月，將紅魚(yú)鄉(xiāng)、涼橋鄉(xiāng)并入三元鎮(zhèn)。