據(jù)《禹貢》記載夏朝時侯馬屬冀州，稱為新田。
西周初，新田屬于并州唐國。
西周中期新田屬于晉國。
春秋后期及戰(zhàn)國初期，新田為晉國國都，歷時209年，傳位13代。
戰(zhàn)國中后期屬魏國絳縣。
新田最早見于《左傳》，秦代侯馬叫絳縣，為府級下轄郡。
東漢改稱絳邑縣。
北魏太和十一年（487）絳邑縣廢名，復(fù)稱新田，屬于正平郡曲沃縣。
唐貞觀初年（627）廢郡置道，新田屬河?xùn)|道曲沃縣。
五代時期屬北漢曲沃縣。
宋興國四年（979），屬河?xùn)|道絳州曲沃縣，宋至道三年（997）改屬河?xùn)|路絳州曲沃縣。
元大德九年，所屬河?xùn)|南路改稱晉寧路。
明洪武八年（1375）在此設(shè)有絳州金臺驛。
因來往驛客在此宿舍驛館，等候驛馬，故改稱為侯馬，屬山西省平陽府曲沃縣歷時269年。
清朝時期，屬山西省平陽府曲沃縣。
民國初期侯馬屬山西省河?xùn)|道曲沃縣，1930年廢道，屬山西省曲沃縣。
1949年9月1日，侯馬屬山西省晉南區(qū)新絳分區(qū)曲沃縣。
1950年侯馬屬山西臨汾專署曲沃縣。
1954年屬于山西省晉南專區(qū)的曲沃縣。
1956年10月國務(wù)院決定設(shè)立侯馬市籌備處。
1957年12月侯馬市籌備處取消，仍屬曲沃縣。
1958年8月國務(wù)院決定以曲沃縣、新絳縣和汾城縣合并為侯馬市。
1962年，侯馬市撤銷建制，仍屬曲沃縣。
1971年8月1日國務(wù)院批準恢復(fù)侯馬市建制，屬山西省臨汾地區(qū)行政公署，與曲沃縣分署辦公至今。
2000年，撤銷臨汾行政公署和縣級臨汾市，設(shè)立地級臨汾市，歸臨汾市管轄至今。