根據(jù)歷史考古發(fā)現(xiàn)，距今7000年前的新石器時(shí)期本鎮(zhèn)即有人類活動(dòng)遺跡。
秦漢時(shí)期，武清設(shè)泉州、雍奴二縣。
北魏太平真君七年（446）撤泉州入雍奴，雍奴縣城遷至本鎮(zhèn)邱古莊。
自盛唐至明清以來，得漕運(yùn)之利，全鎮(zhèn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展、文化繁榮、人才輩出。
今鎮(zhèn)政府所在地白古屯村，文革時(shí)期更名為紅古屯，1982年恢復(fù)白古屯村名。
新中國(guó)成立后，本鎮(zhèn)各村先后屬武清縣九區(qū)、一區(qū)管轄。
1958年9月人民公社化，劃至城關(guān)紅旗人民公社。
1961年6月建東馬房公社，公社駐地東馬房村。
1968年改稱東馬房公社革命委員會(huì)。
1980年，復(fù)稱東馬房公社。
是年公社駐地遷至白古屯村。
1983年5月，更名為東馬房鄉(xiāng)。
1984年7月，改稱白古屯鄉(xiāng)。
2013年6月，撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，遂更名為白古屯鎮(zhèn)。