漢屬西域都護(hù)府。
清初名固爾扎，乾隆二十七年至四十五年(1762-1780)，先后修筑寧遠(yuǎn)城、惠寧城和熙春城，設(shè)阿奇木伯克和同知管理。
同治十年（1871），寧遠(yuǎn)城被沙俄侵占。
于光緒七年（1881），回歸祖國(guó)，十四年，置寧遠(yuǎn)縣，轄惠寧、熙春兩城，隸伊犁府。
1914年，取伊犁河與寧遠(yuǎn)城首字更名為伊寧縣。
1944年，“三區(qū)革命”爆發(fā)后成立“三區(qū)革命臨時(shí)政府”。
1934年，為伊犁屯墾使公署駐地。
1950年，屬伊犁專區(qū)。
1952年，析伊寧縣5個(gè)區(qū)置伊寧市。
1953年，為新疆省轄市。
1955年，改為伊犁哈薩克自治州轄市。
1975年，州、地分設(shè)，地區(qū)駐地伊寧市，自治州治遷奎屯市。
1979年，撤銷地區(qū)，州機(jī)關(guān)遷回伊寧，伊寧市直屬伊犁州。
1984年，復(fù)為伊犁地區(qū)轄市。
2001年，復(fù)屬伊犁哈薩克自治州。