隋代屬白狼國(guó)。
唐代吐蕃三十二代贊布松贊干布統(tǒng)一西藏（617）后，屬于吐蕃。
元朝，芒康屬吐蕃等路宣尉使司都元帥府管轄，后為亦思馬甘樂(lè)萬(wàn)府地。
明崇禎十五年（1639），芒康由蒙古和碩特固始汗控制。
清順治五年（1648）至康熙四年（1665），芒康境內(nèi)又歸屬西藏地方政府統(tǒng)治。
雍正四年（1726），清廷組織川、滇、藏三方勘定地界，芒康歸屬噶丹頗章政權(quán)管轄。
乾隆十六年（1751），清廷將芒康劃歸駐藏大臣直接管轄。
宣統(tǒng)二年（1910），將江卡宗改為寧?kù)o縣。
1912年，設(shè)立寧?kù)o縣和鹽井縣，屬川、滇、藏邊務(wù)大臣管轄。
1918年，藏軍攻占昌都后，西藏地方政府在昌都成立朵麥基巧，將寧?kù)o縣改為芒康宗，隸屬朵麥基巧。
1932年，芒康歸屬西藏管轄。
1939年，設(shè)立西康省，將芒康、鹽井劃入西康省。
1950年10月，藏軍九代本德格•格桑旺堆在芒康率部起義，人民解放軍解放寧?kù)o、鹽井。
1951年初，昌都地區(qū)人民解放委員會(huì)向?qū)庫(kù)o、鹽井（宗）派出軍事代表，建立代表處。
1956年10月，根據(jù)西藏工委指示，把寧?kù)o、鹽井代表處改為宗黨委會(huì)，正式建立寧?kù)o、鹽井縣。
1960年4月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)將寧?kù)o縣、鹽井縣合并，設(shè)置寧?kù)o縣，隸屬昌都專(zhuān)區(qū)。
1965年，寧?kù)o縣改名為芒康縣，隸屬昌都專(zhuān)區(qū)。
2014年，撤銷(xiāo)昌都地區(qū)，設(shè)立地級(jí)昌都市，芒康縣屬昌都市。