7世紀(jì)前，申扎地方在區(qū)域上屬象雄。
7世紀(jì)中葉，吐蕃征服象雄后歸入吐蕃。
9世紀(jì)中葉后，該地區(qū)由欽珠多吉地方首領(lǐng)管轄。
明崇禎十五年（1642），噶丹頗章政權(quán)建立后，申扎地方歸其管理。
當(dāng)?shù)仡^人常常抗納差稅，西藏地方政府下令廢除那倉第巴政權(quán)，設(shè)“那倉宗”，由西藏地方政府直接委派宗本管理。
清嘉慶二十四年（1819），那倉宗被列為當(dāng)時西藏十個主要宗之一。
清咸豐六年（1856），那倉宗更名為申扎宗。
由西藏地方政府直接管轄。
根據(jù)《十七條協(xié)議》，西藏的現(xiàn)行政治制度不予變更，仍維持西藏地方政府的統(tǒng)治。
1959年3月，西藏上層反動集團(tuán)發(fā)動了武裝叛亂，為了維護(hù)黨和人民的根本利益，駐藏人民解放軍奉命平叛，黑河軍隊政管制委員會派出軍事代表和工作隊進(jìn)駐申扎，負(fù)責(zé)平叛和改革工作。
1959年8月，成立中共申扎縣委和縣人民政府。
1960年1月，經(jīng)國務(wù)院正式批準(zhǔn)，撤銷申扎宗，設(shè)置申扎縣，隸屬那曲專區(qū)。
下設(shè)申扎、卓瓦、文部、來多、吉瓦、甲谷、馬窯、雄梅、巴札9個區(qū)，47個鄉(xiāng)。
1970年，改屬那曲地區(qū)。
1989年原轄的3個區(qū)撤銷，將20個鄉(xiāng)撤并為8個鄉(xiāng)。
2002年，將8個鄉(xiāng)調(diào)整為申扎鎮(zhèn)、雄梅鎮(zhèn)2個鎮(zhèn)，下過鄉(xiāng)、恰鄉(xiāng)等6個鄉(xiāng)。
2017年，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷那曲地區(qū)，設(shè)立地級那曲市，申扎縣隸屬那曲市管轄。