清朝，屬歸治里上五甲。
民國十九年（1930年），分屬謂姑鄉(xiāng)、鼎新鎮(zhèn)。
民國二十八年（1939年），屬七區(qū)。
民國三十三年（1944年），屬勛民鎮(zhèn)。
1950年，屬五區(qū)壽屏鄉(xiāng)。
1951年，屬新寨鄉(xiāng)。
1958年，從小河區(qū)分出成立新店公社。
1962年，改新店區(qū)。
1969年，改稱新店公社并成立革命委員會。
1984年，稱新店區(qū)。
1988年，區(qū)改鄉(xiāng)，稱新店鄉(xiāng)，原區(qū)屬碉樓、水井、馬店3村劃歸六合鄉(xiāng)。
2006年6月，撤銷六合鄉(xiāng)，原屬碉樓、水井，劃回新店鄉(xiāng)。
2012年9月，撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。