1928年，設(shè)昆明市，分市境為8個區(qū)，今區(qū)境為其時第三、第四區(qū)全部，第一、第二、第五區(qū)局部。
1941年，昆明市轄區(qū)范圍擴展，今區(qū)增含其時第七、第八2區(qū)的玉皇閣、蓮花池等局部地段。
1950年3月，昆明市實行軍事化管理，按原8個區(qū)的建制接管，建立市區(qū)兩級人民政府。
1951年，8個區(qū)合并為5個區(qū)。
其中第二、第三、第四區(qū)的大部分和第一、第五區(qū)的局部在本區(qū)范圍。
1953年，行政區(qū)劃再次調(diào)整。
區(qū)境為第二、第四區(qū)，改制為縣級政權(quán)。
1956年9月，第二、第四區(qū)合并為五華區(qū)，因五華山而得名，五華區(qū)行政區(qū)名正式使用。
2005年，區(qū)機關(guān)遷至華山西路1號。