云縣古名大侯，是勐佑蒲蠻部落十三寨之一。
西漢時屬益州郡哀牢地。
東漢、三國、兩晉時屬永昌郡。
南詔屬永昌節(jié)度。
宋大理國時期為蒲蠻勐佑地，屬永昌郡。
元中統(tǒng)間屬麓川路。
明洪武二十四年（1361）設(shè)大侯長官司。
1429年升大侯御夷州。
明朝萬歷二十六年（1598）改名云州。
1913年7月19日改為云縣。
1950年2月15日設(shè)置云縣人民政府，屬大理專區(qū)。
1956年8月1日改屬臨滄專區(qū)。
1959年1月與鳳慶縣合并稱云鳳縣，同年10月兩縣分設(shè)，恢復(fù)云縣建制，自得名后沿用至今。