1949年屬南湖鄉(xiāng)，同年7月撤鄉(xiāng)建區(qū)屬南湖區(qū)，稱南店村；1950年春屬禹家鄉(xiāng)，1956年2月屬南湖鄉(xiāng)，1956年建南店高級(jí)社，1958年10月屬南湖公社南湖管理區(qū)，稱南店生產(chǎn)隊(duì)，1961年8月屬南湖公社，稱南店大隊(duì)；1966年改稱勝利大隊(duì)。
1981年6月恢復(fù)南店大隊(duì)名稱，1981年11月屬南北湖公社稱南店大隊(duì)，1984年1月稱南北湖鄉(xiāng)南店行政村。
2000年1月撤銷(xiāo)南北湖鄉(xiāng)并入高禹鄉(xiāng)仍稱南店村，2001年1月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)屬高禹鎮(zhèn)仍稱南店村。
2012年并鎮(zhèn)，屬天子湖鎮(zhèn)。