宋景德三年至清道光年間為剡源，禽孝二鄉(xiāng)，1949年前剡源鄉(xiāng)禽孝及連山鄉(xiāng)。
1949年后為溪口，亭下兩區(qū)。
1953年，江口區(qū)之畸山、牌亭兩鄉(xiāng)劃入該區(qū)。
1956年撤區(qū)。
1961年復(fù)區(qū)，原溪口、亭下兩區(qū)并為溪口區(qū)。
1970年撤區(qū)。
1972年復(fù)區(qū)制。
1980年，溪口劃為縣屬鎮(zhèn)。
全區(qū)面積410.3平方公里。
有125個(gè)行政村，1個(gè)居民會(huì)，計(jì)287個(gè)自然村。
1983年為溪口區(qū)管轄九個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)：溪口鎮(zhèn)、畸山鄉(xiāng)、東岙鄉(xiāng)、董村鄉(xiāng)、斑竹鄉(xiāng)、蹕駐鄉(xiāng)、班溪鄉(xiāng)、巖頭鄉(xiāng)、棠云鄉(xiāng)。
1985年為溪口、亭下董村三公社。
1992年5月，畸山、東岙、董村2鄉(xiāng)并入溪口鎮(zhèn)；棠云劃入蕭王廟街道。
2001年6月班溪鎮(zhèn)、蹕駐鄉(xiāng)、斑竹鄉(xiāng)并入溪口；2004年行政村調(diào)整由原來的114個(gè)調(diào)整為54個(gè)村，2008年將蕭王廟街道鐘甘家村劃入溪口鎮(zhèn)。