大慈巖鎮(zhèn)現(xiàn)域，按南宋淳熙《嚴州圖經(jīng)》、清嘉慶《蘭溪縣志》記載，南宋淳熙年間（1174—1189）為壽昌縣仁豐鄉(xiāng)、蘭溪縣瑞山鄉(xiāng)屬地；宋末推行都圖制后，為壽昌縣三都、四都和蘭溪縣二十一都、二十二都屬地；清雍正六年（1728）為壽昌縣排塘、大塢、吳山、陳店、常樂、麻車崗、下金、白下等莊，蘭溪縣玉華莊、仁塘莊屬地。
1912年，屬壽昌縣常樂區(qū)、蘭溪縣永昌區(qū)、諸葛區(qū)屬地。
1932年，設置大慈鄉(xiāng)。
1935年完成鄉(xiāng)鎮(zhèn)整頓后，為壽昌縣梨山、慈云、獅硯鄉(xiāng)和蘭溪縣華陽、瑞匯、仁硯鄉(xiāng)屬地。
解放前后，該地域為壽昌縣大慈、獅山鄉(xiāng)和蘭溪縣華南、諸葛、硯峰鄉(xiāng)屬地。
1950年劃建小鄉(xiāng)后，為壽昌縣唐村、李村、陳店、里葉和蘭溪縣玉華、仁塘、翠屏鄉(xiāng)（蘭溪縣3鄉(xiāng)部分屬地于1951年7月劃屬壽昌縣）屬地。
1956年并鄉(xiāng)后，為唐村、新葉（1958年9月部分劃屬蘭溪縣）、里葉鄉(xiāng)屬地。
1958年底，屬李村公社；1960年2月屬壽昌公社。
1961年設置唐村（1981年9月改稱檀村）、里葉兩個公社。
1983年先后改鄉(xiāng)。
1992年兩鄉(xiāng)合并組建檀村鎮(zhèn)；2001年9月更稱現(xiàn)名。