“明萬(wàn)歷十年設(shè)有南麂副總兵，清順治十八年遷徙，其地始墟。”1925年前后邑人王理孚組織漁佃公司，募民墾種。
1940年稱(chēng)南麂鄉(xiāng)，隸鰲江區(qū)。
1949年5月平陽(yáng)解放，國(guó)民黨縣政府遷往南麂。
1954年5月9日，蔣介石視察大陳島返回途中登臨南麂島。
1955年2月，國(guó)民黨軍隊(duì)撤退時(shí)，將島上1996名島民全部帶往臺(tái)灣屏東縣高樹(shù)鄉(xiāng)。
后溫州專(zhuān)員公署動(dòng)員本縣及瑞安、文成等縣移民，并成立南麂鄉(xiāng)人民政府，隸洞頭縣管轄。
1957年劃歸本縣，屬鰲江區(qū)管轄。
1958年改為南麂大隊(duì)（管理區(qū)），屬鰲江公社。
1961年成立南麂公社，隸縣政府南麂辦事處管轄。
1983年改稱(chēng)南麂鄉(xiāng)，隸屬不變。
1990年為南麂島辦事處。
1997年南麂鄉(xiāng)改為建制鎮(zhèn)。
2011年并入鰲江鎮(zhèn)。
2016年恢復(fù)南麂鎮(zhèn)建制。