建國時屬初陽鄉(xiāng)榅樹根村，1950年劃為二源鄉(xiāng)，1952年建初級社，1956年轉(zhuǎn)為高級社，公社化時建大隊，1984年設(shè)置行政村，2003年11月11日文政發(fā)（2003）122號文件批復(fù)，由原榅樹根村，半山村兩個行政村合并組成一個行政村，2011年4月劃歸百丈漈鎮(zhèn)。
經(jīng)兩個村領(lǐng)導(dǎo)班子討論決定沿用榅樹根村村名，并村后劃歸新東片，建設(shè)榅樹根村中心村。
2016年屬二源鎮(zhèn)。
2019年榅樹根村、坑底村合并建立榅樹根村。
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